京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

本剧讲述了红衣神偷温瞳和六扇门统领顾靳澂，在联手追查“美人榜”悬案“白梨失踪”案时，根据线索一路揭开铸造世家方家的“红颜枯骨”案和蜀中唐门的“鬼粟花蛊”案等诡案，在波谲云诡的江湖势力中坚持寻找案件真相

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巍巍京城，气势磅礴时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。对方是诸葛正我（黄秋生 饰）统领的神侯府，手下更有无情（刘亦菲 饰）、铁手（邹兆龙 饰）等身怀绝技的高手。捕神对神侯府的目的颇有猜疑，遂假意赶走冷血，令其潜入神侯府调查诸葛之真实目的。在此之后，冷血与无情、铁手以及江湖中人追命（郑中基 饰）组成四大名捕，声名显赫，而来自六扇门的姬遥花（江一燕 饰）似乎又暗藏不可

京城名捕潘天柱矮小精干断案如神，“五尺神探”的美名远扬。然而临近退休的他快十年无案可破，闹剧频出，总捕头不愿再留他在六扇门惹是生非，贬他去雾镇当捕头。初来乍到的潘天柱便察觉到这表面祥和的小镇实则怪异得很，李有钱、王寡妇、王讼师等人相继惨死，更是坐实了他的猜测。一心想进六扇门当差的吴所谓借机拜潘天柱为师，师徒二人在让人啼笑皆非的授业日常中，不断接近真相，竟牵扯出一桩二十年前的离奇大案……

多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。

巍巍京城，气势磅礴。时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。