供职于某生物科技公司的生物化学科学家威廉·福斯特（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰），长久以来一直致力于克隆技术的研究。虽然科研的道路上困难重重，但他距离最终的成功似乎只有一步之遥。谁知就在关键时刻，一场车祸摧毁了他的幸福人生。车祸中，妻子莫娜（爱丽丝·伊芙 Alice Eve 饰）和三个可爱的孩子命归黄泉，这令威廉痛不欲生。然而，科学家的本能又促使他迅速冷静下来。他找到工作中的伙伴埃德·惠特尔（托马斯·米德蒂奇 Thomas Middleditch 饰）帮忙，决定利用自己的研究“复活”家人。

　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开