雇佣兵们去营救一名被囚禁在冷战遗存的地堡中的生物工程师。 在进入不祥的设施后，他们发现自己要为生命而战，因为他们遭到了一种未知的致命生物的攻击。

亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

尼古拉斯·布拉泽是一位退休的美国特工，曾在政府最黑暗的阴影中工作，这是一支精英“无形”团队的一部分，该团队悄悄带走了世界上一些最糟糕的恶棍。尼古拉斯被指责因为他的原因导致团队的几名成员曝光并被暗杀后，